| 03.04.01 | Прикладные математика и физика | Магистр | Очная | 2 года | Проблемы теоретической физики и математическое моделирование | Кафедра теоретической ядерной физики (№32) / включая подготовку для РФЯЦ |
| Ускорители заряженных частиц для установок мегасайенс класса | Кафедра электрофизических установок (№14) |
| Суперкомпьютерные технологии в инженерно-физическом моделировании | Совместно с РФЯЦ |
| Физика твердого тела и наноструктур и фотоника | Кафедра физики твердого тела и наносистем (№70) |
| Квантовые вычислительные технологии и прецизионные измерения | Кафедра физико-технических проблем метрологии (№78) |
| 03.04.02 | Физика | Магистр | Очная | 2 года | Физика быстропротекающих процессов | Кафедра химической физики (№4) |
| 12.04.03 | Фотоника и оптоинформатика | Магистр | Очная | 2 года | Фотоника и оптические информационные технологии | Кафедра лазерной физики (№ 37) |
| 12.04.05 | Лазерная техника и лазерные технологии | Магистр | Очная | 2 года | Лазерные системы и технологии | Кафедра лазерной физики (№ 37) |
| 16.04.02 | Высокотехнологические плазменные и энергетические установки | Магистр | Очная | 2 года | Управляемый термоядерный синтез и плазменные технологии | Кафедра физики плазмы (№ 21) |
| Мощные лазеры и лазерный термоядерный синтез | Кафедра физики лазерного термоядерного синтеза (№ 69) / включая подготовку кадров для РФЯЦ |
